По-перше, давайте розберемося у природі емоцій. Сучасний погляд на емоції вказує, що вони реалізуються на трьох різних, але тісно взаємопов'язаних рівнях: психічному, нейрофізіологічному та поведінковому. Існують різні наукові теорії емоцій, які розглядають питання, чи передують фізіологічні зміни емоційному досвіду, чи вони є його наслідком. Наприклад, згідно з теорією Кеннона-Барда, подразники з навколишнього середовища активують таламус, який передає інформацію до кори головного мозку, після чого формується емоція. Тоді як згідно з теорією Пейпеца, безпосередньо емоція передбачає поведінку та суб'єктивні відчуття.

Крім цього, важливо розібратися у різниці понять страху та тривоги. І хоча в основі обох станів лежить попередження організму про небезпеку та запуск відповідних адаптивних реакцій, вони дещо різняться. Страх визначається як мотиваційний стан, викликаний специфічними зовнішніми стимулами, які викликають захисну поведінку або втечу. На прикладі тварин, вони можуть навчитися боятися ситуацій, які попередньо завдавали їм болю чи стресу, і надалі демонструвати поведінку уникнення при повторенні схожої ситуації. Тоді як тривога є узагальненою реакцією на невідому загрозу або внутрішній конфлікт. Припускають, що тривога є еволюційним пристосуванням організму для розробки складних систем захисту людини від більш віддалених загроз. Хоча тривога та страх є різними емоційними станами, вони не виключають збігу в основних мозкових і поведінкових механізмах, які характеризуються підвищеним збудженням, вегетативною та нейроендокринною активацією та специфічними моделями поведінки, які направлені на полегшення подолання несприятливої або несподіваної ситуації.

Після всього вищесказаного, цілком логічним є питання, чому ж пористий шоколад може сприйматися мозком деяких людей як небезпека і викликати захисну реакцію організму. Для того, щоб відповісти на це питання, спочатку розберемося з поняттям трипофобії. Якщо страх є нормальною реакцією на небезпеку, то фобії характеризуються надмірною, неусвідомленою та постійною тривогою. Трипофобія описується як страх перед скупченням отворів. Кожна п'ята людина відчуває дискомфорт при спогляданні зображень із повторюваним візерунком у вигляді дірок. Учені розробили чотири вірогідні теорії щодо походження цієї фобії.

• Теорія апосематизму припускає, що трипофобія виникла як результат еволюційного пристосування людей до уникнення контакту з отруйними тваринами або рослинами, які часто мають застережливе яскраве забарвлення з характерним візерунком. Прикладом можуть слугувати змії, бджолині стільники, мухомори, отруйні павуки, такі як каракурт.
• Інша теорія пояснює феномен трипофобії як результат еволюційної адаптації до уникнення різних шкірних та інфекційних захворювань, що можуть легко поширюватися від людини до людини. Наприклад, висипи при віспі, корі, висипному тифі можуть візуально нагадувати повторюваний візерунок, який підсвідомо викликає тривогу у трипофобів.
• Теорія зорового стресу заперечує попередні дві теорії, ґрунтуючись на дослідженні мозку людей із трипофобією, згідно з яким під час перегляду провокаційних зображень, активність мозку фіксувалася в задній частині, де знаходяться зорові області, а не в передніх зонах прийняття рішень. Це вказує на те, що трипофобна реакція не зумовлена реакцією мозку на небезпечний об'єкт, а скоріше зумовлена виключно психологічним явищем, за якого мозку не подобаються ці зображення.
• Остання теорія ставить під питання існування трипофобії, пов'язуючи її з широким розповсюдженням Інтернету та соціальним нав'язуванням.

Однак, беручи до уваги фізіологію виникнення страху, можна припустити вірогідність перших двох теорій, які пов'язують виникнення трипофобії як еволюційної пристосувальної реакції у відповідь на небезпеку.