Протягом останніх 20 років зростає інтерес до ролі мікробіому у підтриманні гомеостазу кишечника, разом з тим зростають і темпи споживання пробіотиків.
Оскільки в США чи Європі ринок "живих культур" в основному нерегульований, тому реклама товару часто спрямована безпосередньо на споживачів, не надаючи прямих і достовірних доказів їхньої ефективності. Це призвело до широкого використання пробіотиків із недостатніми доказами їх клінічної ефективності.

Пробіотики - це живі мікроорганізми у вигляді харчових добавок, які зазвичай використовуються для лікування та профілактики гострої діареї. Можливі механізми дії включають: синтез антимікробних речовин, конкуренцію з патогенами за поживні речовини, модифікацію токсинів та стимулювання неспецифічної імунної відповіді на патогени
Які переваги прийому пробіотиків? Репутація більшості бактерій грає не на їхню користь, тому ідея вживати їх мільярдами щодня для покращення здоров’я може здаватися відверто божевільною як на перший погляд. Але все більше наукових доказів свідчить про те, що ви можете лікувати і навіть запобігати деяким хворобам за допомогою продуктів харчування та добавок, що містять певні види живих бактерій.

Велике плацебо-контрольоване дослідження в Індії показало, що профілактика пробіотиком L. plantarum у здорових новонароджених, у перші 5 днів життя призводить до значного зменшення частоти сепсису та інфекцій нижніх дихальних шляхів у перші 2 місяці життя. Однак серед дітей дошкільного віку з гострим гастроентеритом, які завершили чергове дослідження, ті, хто отримували 5-денний курс L. rhamnosus, не мали кращих результатів, ніж у групи плацебо. В іншому багатоцентровому дослідженні у дітей, які звернулися до відділення невідкладної допомоги з гастроентеритом, 5-денний курс пробіотиків з L. rhamnosus + L. helveticus не запобігав розвитку гастроентериту середньої та важкої форми.
Два великі систематичні огляди виявили, що пробіотики (особливо Lactobacillus GG) є ефективними у скороченні тривалості діареї у дітей із гострим гастроентеритом.
Пробіотики можуть бути особливо ефективними для профілактики діареї, пов’язаної з C difficile, у пацієнтів, які отримують антибіотики.

З огляду на широке використання та часто упереджені джерела інформації Американська гастроентерологічна асоціація (American Gastroenterological Association - AGA) оприлюднила оновлені, доказові рекомендації щодо використання препаратів, які містять пробіотики для лікування та профілактики захворювань ШКТ:

• У дорослих та дітей, які перебувають на лікуванні антибіотиками, AGA рекомендує використовувати S. boulardii, або 2-штамову комбінацію L. acidophilus CL1285 та Lactobacillus casei LBC80R або 3-штамову комбінацію L acidophilus, Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus та Bifidobacterium bifidum; або 4-штамову комбінацію L. acidophilus, L. delbrueckii subsp bulgaricus , B. bifidum та Streptococcus salivarius subsp thermophilus для профілактики клостридіальної інфекції.
• Для дорослих та дітей з ілеїтом, краще застосувати 8-штамову комбінацію: L. paracasei subsp paracasei DSM 24733, L. plantarum DSM 24730, L. acidophilus DSM 24735, L. delbrueckii subsp bulgaricus DSM 24734, B. longum subsp longum DSM 24736, B. breve DSM 24732, B. longum subsp infantis DSM 24737 та S. salivarius subsp thermophilus DSM 24731 .
• Не слід вживати пробіотики дітям з гострим інфекційним гастроентеритом.
• Недоношеним дітям (менше 37 тижнів), або дітям з низькою масою тіла, для профілактики некротизуючого ентероколіту доцільно використовувати такі комбінації пробіотичних культур: Lactobacillus spp, Bifidobacterium spp ( L. rhamnosus ATCC 53103 та B. longum subsp infantis ; або L. casei та B. breve ; або L. rhamnosus, L. acidophilus, L. casei, B. longum subsp infantis, B. bifidum і B. longum subsp longum; або L. acidophilus і B. longum subsp infantis; або L. acidophilus і B. bifidum; або L. rhamnosus ATCC 53103 та B. longum Reuter ATCC BAA-999; або L. acidophilus , B. bifidum , B. animalis subsp lactis і B. longum subsp longum ), або B. animalis subsp lactis (включаючи DSM 15954), або L. reuteri (DSM 17938 або ATCC 55730), або L. rambnosus (ATCC 53103 або ATC A07FA або LCR 35) .